Há três raças de personagens em Phantasy Star Zero: humanos, newmans e casts.

Os humanos dispensam apresentações, sendo de modo geral os personagens mais equilibrados. Ocupam o planeta Terra, onde o jogo se passa. Os newmans parecem humanos, mas têm orelhas pontudas e propensão à magia. Sumiram da face da Terra após um misterioso evento ocorrido há duzentos anos. Os casts são entidades mecânicas, robôs inteligentes, com muita força física, que estiveram adormecidos por duzentos anos, e agora estão despertando aos poucos, sem memória.

O jogo separa as três raças em níveis de dificuldade, considerando humanos como melhores para novatos, casts melhores para jogadores intermediários e newmans para jogadores experientes. Cada raça gera histórias diferentes ao longo do jogo.

Além de escolher a raça de seu herói, você também deve escolher uma das três classes disponíveis: hunters, rangers e forces. A combinação de raças e classes pode gerar personagens balanceados. Estas são as combinações possíveis:

Mestres no combate físico, primam pelo uso da espada.

• HUmar
• HUmarl
• HUcast
• HUcaseal
• HUnewm
• HUnewearl

Peritos no combate a longa distância usando armas de fogo.

• RAmar
• RAmarl
• RAcast
• RAcaseal

Capazes de invocar magias de ataque, cura e assistência, mas com poucas habilidades no combate físico.

• FOmar
• FOmarl
• FOnewm
• FOnewearl