Seguem abaixo algumas instruções básicas para se jogar Phantasy Star Zero.

• Usar comandos da paleta de ações (ver seção abaixo): B, A e Y;
• Alternar para segunda paleta de ações (ver seção abaixo): segure R;
• Resetar a câmera: aperte L (a câmera vai para trás do personagem);
• Pegar itens automaticamente: segure X;
• Girar a câmera para a esquerda/direita: segure X e aperte L ou R;
• Menu rápido de itens: segure L e aperte Start;
• Menu rápido de equipamentos: segure R e aperte Start.

A paleta de ações é exibida na tela inferior do Nintendo DS. Ela contém três espaços, cada um correspondendo a um botão e a uma ação. Por padrão, a paleta principal vem com ataque forte (B), esquiva (A) e ataque fraco (Y). Segurando R você alterna para a segunda paleta, e para realizar os comandos dela deve segurar R e pressionar o botão correspondente. É possível definir ações específicas para cada espaço por meio do menu do jogo, também na tela inferior.